Sebagai institusi vertikal Direktorat Jenderal Bea dan Cukai di daerah, Kantor Pengawasan dan Pelayanan Tipe Madya Pabean C Bitung memiliki sesuatu yang diemban dan dilaksanakan sesuai dengan visi yang telah ditetapkan agar tujuan organisasi dapat terlaksana dan berhasil dengan baik, yang berupa misi Kantor Pengawasan dan Pelayanan Tipe Madya Pabean C Bitung .
Agar pelaksanaan tugas tersebut dapat tercapai secara optimal, Kantor Pengawasan dan Pelayanan Tipe Madya Pabean C Bitung menetapkan misi yang saling terkait, yaitu :